这个世界的最强者拉基-宾天创造了一片名为神王大陆的地方，并将自己力量的源泉-神核，藏于神王大陆的某处，从此引来无数冒险家的探索。百年之后，拥有‘神核’的少年秋临因为自己的过失，失去了最珍惜的伙伴，为了捍卫公会的荣誉，秋临不惜用尽全力与敌人同归于尽。转瞬，得到重生的秋临，回到了一切故事的起点，为了弥补前世的遗憾，他将战至终章。

幕府末期，日本陷入动荡。绯村剑心因剑术高超，被冠以“刽子手拔刀斋”之名，效力于长州藩倒幕部队首领桂小五郎的手下。一天，剑心救下一位名为雪代巴的年轻女子，却被其目睹了杀人行径，他只好将她带到长州藩众人的