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主人公曙アキラ操纵机器人参加格斗大会的故事|剧中格斗大赛用的都是被称为バトロボ的机器人，都搭载AI且具有自我人格。主角机ダイガンダー是由人型机器人リューグ和龙型机器人ガンダー合体而成的大型机器人，合体后的人格倾向于ガンダー。

基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。基因石能量不但引出东山再起的虫族，浩肯星人也来到地球抢夺基因石能量。虫兽吸收基因石能量，变得更难对付：独角仙兽吸取金属能量，原本坚硬的外壳变得更加无坚不摧；蜻蜓兽吸收高压电能量，成为能放电攻击的雷霆蜻蜓。加上浩肯星方面火力强大，让变形联盟陷入苦战。

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。